Los orígenes de la Ruta Marcos y Cordero se remontan a tiempos prehistóricos, cuando las erupciones volcánicas formaron el terreno de La Palma. Los primeros habitantes de la isla, los benahoaritas, utilizaban caminos naturales similares para moverse entre sus asentamientos y acceder a los recursos hídricos esenciales. Estos caminos rudimentarios eran vitales para la supervivencia, proporcionando acceso a las fuentes de agua en las montañas y conectando las distintas comunidades de la isla.

Con la llegada de los conquistadores castellanos en el siglo XV, la Ruta Marcos y Cordero comenzó a adquirir una nueva importancia. Los colonizadores reconocieron rápidamente el valor de los recursos naturales de La Palma y utilizaron la ruta para transportar agua y productos agrícolas, especialmente la caña de azúcar, desde las zonas altas hasta los mercados y puertos. Durante este período, se construyeron las primeras acequias y túneles que hoy forman parte integral de la ruta. Estas obras de ingeniería no solo facilitaron el transporte de agua, sino que también demostraron la capacidad de los colonos para adaptar el paisaje a sus necesidades agrícolas y económicas.

Durante los siglos XVII y XVIII, la importancia de la ruta como arteria principal para la gestión del agua creció significativamente. Los sistemas de acueductos y túneles se expandieron y perfeccionaron para manejar el creciente requerimiento de agua para la irrigación de cultivos. La habilidad ingenieril de la época se refleja en la construcción meticulosa de estas estructuras, que no solo destacaban por su funcionalidad, sino también por su integración con el entorno natural. Estos sistemas siguen siendo una parte vital de la ruta, y su mantenimiento continuo protege tanto la biodiversidad como el ecosistema de la región.